Standart Komplikasyonlar:

Klipsli ETS tedavisi oldukça güvenli bir yöntemdir. Ancak her cerrahi işlemde görülebilen alerjik reaksiyonlar, kanama, enfeksiyon gibi standart ameliyat riskleri çok az da olsa (%1'in altında) ortaya çıkabilir.

Özel Komplikasyonlar:

Pnömotoraks: Göğüs boşluğunda hava kalmasıdır. İki şekilde ortaya çıkabilir.
1) Ameliyat sırasında içeriye verilen tıbbi havanın birazının kalması: hastaların %3-4'ünde olabilir, sıklıkla kendiliğinden kaybolur veya rahatsız ederse iğne ile boşaltılabilir. Genellikle problem yaratmaz.
2) Bazı hastalarda göğüs boşluğu içinde ameliyat öncesi tespit edilemeyen yapışıklık olabilir. Bu hastalarda yapışıklık açılırken akciğerde küçük açılmalar olabilir. Bu durumda yapışıklık açıldıktan sonra dren (göğüs tüpü) konulması gerekebilir ve yatış bir iki gün uzayabilir. Bu şekli çok nadir görülür.

Horner sendromu: göz kapağında hafif aşağı inme ve göz bebeğinde küçülme olmasıdır.
El terlemesi ve koltukaltı terlemesi için yapılan klipsli ETS'de olmaz.
Yüz terlemesi için yapılan klipsli ETS'de binde 3 oranında görülebilir.

İnterkostal Nöralji: Bazen girilen bölgedeki kaburga ve sinirinin ameliyattan etkilenmesine bağlı oluşan ağrılar nadiren 3-6 hafta sürebilir.